Aqui eu utilizo o Santander normalmente, sem o "módulo de proteção".

O que ele pede nas transações é senha internet + senha cartao + SMS com um código adicional, ou seja, acredito que o segredo é usar essa validação adicional via SMS no celular.

Utilizo Fedora 20 + Google Chrome. Em outros SOs (Mac + Windows) a instalação do módulo é compulsória.

Att, Filipe