Rau,
eu teria q redirecionar a porta 21 pra 3128 como eu fiz com a porta 80??
Creio que não funciona com proxy transparente, já que ftp existem 2 conexões, uma de controle, porta 21, e outra para dados, que é definido na hora quando é preciso a tranferencia de dados (listagem e transferencia de dados).
Porque você não utiliza um arquivo de configuração de proxy (proxy.pac)?
Se as maquinas pegarem seus ips por dhcp melhor ainda, você passa a url do proxy.pac no proprio dhcp. (configuração automatica de browser).
O que acha?