Pois é amigo, o lance é que não é necessário fazer isso todas as vezes, e no yum este procedimento obrigatório as vezes demora muito, e ao que me parece com o package kit piorou, se alguém o testou, e puder falar as suas impressões.
O Packagekit não informa direito o que ele está fazendo, quando vc acha que ele está terminando de baixar os pacotes ele está começando, não tem fila, vc é obrigado a fazer uma operação por vez, não guarda localmente as informações dos pacotes.
O motivo do meu interesse pelo apt é que ele permite um maior controle. Anos atrás quando eu usava o RedHat 9, e eu descobri que poderia usar estes programas, eu não usei o yum por que simplesmente ele chupava todos os recursos da máquina e da conexão, e demorava muito. Isso melhorou bastante, mas em termos de desempenho está longe do apt.
Acho que fiquei decepsionado, pois no geral o Fedora 9 está ficando muito bom.
O que eu não encontrei sobre o apt é como utilizar os DeltaRpms nele.