Πολλά απ' αυτά γίνονται μέσα από extensions
https://extensions.gnome.org/

Παραθέτω κάποια ενδεικτικά, αλλά θα βρεις αρκετά παραπλήσια.

1) Θελω πανω στο πανελ να φαινονται ολα τα παραθυρα που εχω ανοιχτα. Για παραδειγμα τωρα εχω 3 παραθυρα ανοιχτα (firefox, τερματικο και ενα φακελο με τραγουδια)  και στο panel φαιναιτε μονο ενα, δηλαδη το τρεχον  
    παραθυρο... (οπου ειναι ο firefox μιας και σε γραφω απο εκει)
    Εγω ας πουμε αυτο που θελω ειναι να αλαξω παραθυρο χωρις να αναγκαστω να παω το ποντικη αριστερα γωνια (hotcorner) θελω δηλαδη να το βλεπω ορατο στο πανελ και να το αλαξω απο εκει.

https://extensions.gnome.org/extension/584/taskbar/

2) Οταν εχω ανοιχτο το skype η εναν player για παραδειγμα τον clementine, ενω ειναι σε λειτουργια κανονικα, δεν βλεπω ορατο το εικονιδιο πανω στο panel δεξια ωστε να μπορω να το καλεσω απο εκει.

για media players: https://extensions.gnome.org/extension/55/media-player-indicator/
για skype: https://extensions.gnome.org/extension/495/topicons/

3) Αυτη η ρυθμηση υπαρχη στο kde αλλα δεν ξερω αν υπαρχη για το Gnome...
    Ας πουμε στο kde εχω ρυθμηση να πιγενω το ποντικη δεξια κατω γωνια (hotcorner) και να εμφανιζετε η επ.εργασιας. Δηλαδη να εξαφανιζοντε (ελαχιστοποιουντε)  ολα τα ανοιχτα παραθυρα και να βλεπω μονο την επ.εργασιας.
    Στο Gnome υπαρχη καμια τετοια ρυθμηση;

https://extensions.gnome.org/extension/64/show-desktop-button/

4) Δεν μπορω να δημιουργισω εγγραφο κειμενου με δεξι κλικ στην επ.εργασιας. Εχει μονο την επιλογη νεος φακελος. Ξερω οτι κανεις μια ρυθμηση την οποια δεν μπορω να την βρω τωρα. Παλειοτερα το ειχα συναντηση ξανα αυτο και ειδα μια συζητηση στο Google και το ελυσα αλλα δεν μπορω να θυμηθω τωρα!

Για να έχεις επιλογή για "νέο φάκελο" μάλλον τρέχεις το Classic Mode, αλλά θεωρητικά για να έχεις αρχεία στο Desktop μπορείς να το κάνεις απ' το Gnome Tweak Tool (πρέπει να το εγκαταστήσεις): Desktop -> Have file manager handle the desktop